Die zweisitzige Version des Flugzeugs ist für das Flugtraining von Piloten ausgelegt. Am 2. August 1997 hob zum ersten Mal ein L-159 ALCA-Prototyp ab.

Angetrieben wird das Flugzeug von dem Strahltriebwerk AlliedSignal/ITEC F124-GA-100 mit einem maximalen Schub von 28 kN. Fast 2.000 Liter Treibstoff werden in acht internen Tanks (sechs im Rumpf, zwei an den Flügelspitzen) gespeichert, während weitere vier Treibstofftanks (zwei mit 525 Liter und zwei mit je 350 Liter) unter den Flügeln aufgehängt werden können. Das leicht gepanzerte Cockpit ist mit einem VS-2B-Schleudersitz ausgestattet

Die Avionik des Flugzeugs umfasst ein Satellitennavigationssystem GPS – die Flugdaten werden sowohl auf dem Head-up-Display FV-3000 als auch auf einem Doppelbildschirm aus Flüssigkristallen angezeigt. Die Kommunikation erfolgt über Collins ARC-182 Funk Trans-Empfänger. Der Selbstschutz der L-159 wird durch den Radarempfänger Sky Guardian 200 und den passiven Störsender Vinten Vicon gewährleistet. Das italienische Mehrzweck-Impuls-Doppler-Radar FIAR Grifo L vervollständigt die Hauptelektronik des Flugzeugs.

Alle Bewaffnungen der L-159 ALCA befinden sich in einer Unterrumpfaufhängung und in sechs Unterflügelhalterungen. Das Flugzeug kann mit einer Vielzahl von Waffen ausgestattet werden, die von klassischen Bomben und Raketenwerfern bis hin zu Luft-Boden- und Luft-Luft-Lenkflugkörpern reichen. Für andere Missionen kann das Flugzeug mit speziellen Geräten zur Luftaufklärung und/oder elektronischen Kriegsführung ausgestattet werden.

Auf der AIRPOWER24 ist eine L-159 der Luftstreitkräfte der Tschechischen Republik im Static Display vertreten.